Les relations entre Napoléon III et l'Eglise sont régies par le concordat de 1801 et les articles organiques imposés unilatéralement par Napoléon 1er en 1802. Elles sont fondées sur un contrôle très contraignant exercé par l'Etat sur l'Eglise, au point que la publication des textes émanant du St Siège sont soumis à l'autorisation de l'Etat (ainsi le Syllabus sera interdit de publication en France comme contraire à la constitution impériale)
Pour le reste, ce régime garantit la liberté de tous les cultes.