Affecté à Fribourg, à la Procure des Missions spiritaine, où il s’installe en septembre 1927, le P. Le Floch adresse une lettre privée au journaliste Lucien Corpechot, qui lui demandait des éclaircissements sur l’affaire d’Action française. Il y attribue son départ au cardinal Cerretti, ancien nonce en France, et y défend une alliance tactique avec l’Action française au nom de l’antilibéralisme. Cette lettre est publiée dans Le Gaulois le 4 décembre 1927, plus ou moins contre son avis, et est reprise par la presse largement. Il doit la démentir publiquement, sur pression romaine. Il a ainsi détruit toute possibilité de retour en cour. En même temps que se développe une polémique sur le dossier de la mise à l’Index de Maurras en 1914 : il est accusé de l’avoir caché pour empêcher la condamnation de 1927. C’est notamment Mgr Durand, évêque d’Oran, qui développe le thème – sans valeur, comme j’ai pu l’établir avec vraisemblance. Le P. Le Floch rédige en 1928 un mémoire justificatif sur les affaires de 1927, adressé à des personnes de confiance. Louis Canet, conseiller technique pour les affaires religieuses du Ministère des Affaires étrangères, sous le pseudonyme de Nicolas Fontaine, l’attaque dans Saint-Siège, Action française et catholiques intégraux (1928). Les éléments de cet ouvrage seront amplement repris pendant soixante-dix ans.
En résidence au noviciat d’Orly en 1928 puis à la procure de Marseille au début des années 1930, le P. Le Floch fait imprimer hors-commerce Le Cardinal Billot, lumière de la théologie (1932). Son jubilé sacerdotal permet à ses anciens élèves de lui faire publier Cinquante ans de sacerdoce (1937) après qu’il a révélé dans la presse une lettre du cardinal Merry del Val l’exonérant de toute responsabilité dans l’égarement du dossier Maurras de 1914 (il s’agit d’une réponse à des attaques venues de l’abbé Trochu, de L’Ouest éclair, et du P. Brugerette). Il reçoit à l’occasion de son jubilé une bénédiction de Pie XI, mais ne peut réussir à rentrer en grâces.
Reçu par Pie XII en 1939, il réactive ce qui reste de ses contacts romains. Durant la guerre, il s’installe au château de Barbegal, près d’Aix, chez un de ses anciens élèves, le chanoine du Roure. Il soutient les projets des abbés Dulac, Roul, Berto, Lefèvre et Lusseau qui aboutissent à la fondation de la revue intransigeantiste La Pensée catholique (1946) et fait éditer Le Cardinal Billot, lumière de la théologie (1946). Ses noces de diamant voient paraître Soixante ans de sacerdoce (1947), alors que certains anciens élèves du Séminaire français se reconnaissant une dette envers lui accèdent à l’épiscopat à partir du pontificat de Pie XII (Perrin, Robin, Ancel, J. Lefebvre, M. Lefebvre, Michon, Johan). Diminué physiquement, ayant obtenu de pouvoir célébrer la messe assis, il meurt en 1950. Ses obsèques sont présidées par Mgr de Provenchères, évêque d’Aix.